Oddział Kliniczny Chorób Naczyń i Chorób Wewnętrznych został wyodrębniony na mocy Uchwały Nr 54 Senatu UMK z dnia 26 maja 2009 r.. Potwierdziła to Uchwała nr 79 Senatu UMK z dnia 21.09.2010r., która wymienia Oddział Kliniczny Chorób Naczyń i Chorób Wewnętrznych, jako samodzielną jednostkę prowadzącą wraz z podległymi pracowniami działalność naukową, diagnostyczną, profilaktyczno-leczniczą oraz dydaktyczną. Od 01.06.2009r. obowiązki ordynatora pełni dr n. med. Grzegorz Pulkowski.

Oddział Kliniczny prowadzi działalność usługowo- leczniczą na bazie 31-łóżkowego oddziału, w tym 7 łóżek intensywnego nadzoru kardiologicznego oraz Poradni Chorób Serca, Poradni Chorób Naczyń, Pracowni Diagnostyki Chorób Serca i Pracowni Diagnostyki Chorób Naczyń. Współpracuje ponadto z Pracownią Angiografii i Hemodynamiki II Kliniki Kardiologii. Pracownicy Oddziału Klinicznego wykonują wewnątrznaczyniowe zabiegi udrażniania, plastyki i stentowania naczyń obwodowych, szczególnie tętnic kończyn dolnych, łącznie z tętnicami podudzia i stopy. Przeprowadzane są także wewnątrznaczyniowe zabiegi na tętnicach podobojczykowych, nerkowych, szyjnych wewnętrznych i kręgowych oraz zabiegi embolizacji tętnic trzewnych, m.in. w ramach paliatywnego leczenia krwawień w przebiegu nowotworów nerki lub pęcherza moczowego.

Pracownicy Oddziału Klinicznego Chorób Naczyń i Chorób Wewnętrznych współpracują szczególnie z zespołem Katedry Chirurgii Ogólnej i Oddziałem Anestezjologii i Intensywnej Terapii w zakresie przedoperacyjnego i pooperacyjnego przygotowania i prowadzenia pacjentów z chorobami naczyń krwionośnych, a także schorzeniami jamy brzusznej. Coraz silniej zacieśnia się współpraca z pozostałymi jednostkami szpitala, konsultowanymi przez lekarzy Oddziału.

Pracownicy Oddziału Klinicznego Chorób Naczyń i Chorób Wewnętrznych prowadzą także działalność naukowo- dydaktyczną. Czterech lekarzy posiada stopień naukowy doktora nauk medycznych, dwóch pełni funkcję konsultantów wojewódzkich w zakresie: chorób wewnętrznych i angiologii, kilku jest członkami Zarządów Oddziałów Polskiego Towarzystwa Angiologicznego, Towarzystwa Internistów Polskich oraz Polskiego Towarzystwa Gastroenterologii. Pracownicy Oddziału Klinicznego są współautorami około 315 prac naukowych, w tym 19 opublikowanych w czasopismach z Listy Filadelfijskiej na łączną wartość Impact Factor= 134,129. Uczestniczą oni ponadto w licznych konferencjach naukowo- szkoleniowych w kraju i zagranicą. Są zapraszani do wygłoszenia wykładów plenarnych, głownie w zakresie chorób wewnętrznych, angiologii oraz aspektów klinicznych patofizjologicznych powiązań między funkcjonowaniem układu krążenia i przewodu pokarmowego. W Oddziale Klinicznym od chwili powstania prowadzone są zajęcia dydaktyczne z zakresu chorób wewnętrznych dla studentów III i V roku Wydziału Lekarskiego. Pracownicy Oddziału byli także i są opiekunami kilkunastu prac licencjackich i magisterskich na kierunku dietetyka.

Pracownicy Oddziału Klinicznego dążą także do stałego rozwoju naukowego. W Oddziale Klinicznym są lub niedawno były realizowane następujące projekty badawcze:

• „Wyniki wewnątrznaczyniowego leczenia przewlekłego miażdżycowego niedokrwienia kończyn. Wybrane aspekty restenozy w stencie w obserwacji odległej”
• „Wpływ leczenia farmakologicznego, endowaskularnego na sprawność psychometryczną oraz funkcjonowanie układu sercowo- naczyniowego u pacjentów z zaawansowaną miażdżycą naczyń”
• „Wpływ migotania przedsionków na sprawność psychofizyczną pacjentów”
• „Ocena wpływu reakcji hipertensyjnej podczas wysiłku oraz wartości i zmienności ciśnienia tętniczego w badaniu dobowym na stopień powikłań narządowych oraz nasilenie dysfunkcji śródbłonka u pacjentów z nadciśnieniem tętniczym”.

Pracownicy Oddziału Klinicznego Chorób Naczyń i Chorób Wewnętrznych współpracują ponadto naukowo z wieloma Zakładami i Klinikami Collegium Medicum. W ramach Oddziału aktywnie działało również Studenckie Koło Naukowe. Efektami jego pracy było kilka wystąpień na Ogólnopolskich i Międzynarodowych Konferencjach Studenckich Kół Naukowych oraz trzy publikacje.  Rozwija się także współpraca międzynarodowa. Aktualnie w Oddziale Klinicznym prowadzone są badania w ramach międzynarodowych projektów badawczych. Efektem poprzednich są publikacje w renomowanych czasopismach medycznych.

Oddział Kliniczny posiada akredytację Ministerstwa Zdrowia szkolenia specjalizacyjnego w zakresie chorób wewnętrznych, angiologii i kardiologii (lista Ministra Zdrowia z 31.03.2010). Pielęgniarki i lekarze Oddziału Klinicznego prowadzą ponadto kursy specjalistyczne dla pielęgniarek i położnych w zakresie wykonywania i interpretacji zapisu elektrokardiograficznego finansowane z Europejskiego Funduszu Społecznego i akredytowane przez Okręgową Izbę Pielęgniarek i Położnych w Bydgoszczy, a także szkolenia dla pracowników innych oddziałów Szpitala Uniwersyteckiego nr 2 w ramach ustawicznego doskonalenia zawodowego.  Wiele pielęgniarek zatrudnionych w Oddziale Klinicznym Chorób Naczyń i Chorób Wewnętrznych podjęło studia licencjackie i magisterskie, kilka rozpoczęło specjalizację, głównie w zakresie pielęgniarstwa zachowawczego. Pielęgniarki Oddziału Klinicznego uczestniczą  w licznych kursach specjalistycznych podnoszących ich kwalifikacje zawodowe.